連邦軍のシロー少尉は、サイド２から地球へと向かう途中、傷ついた友軍のＧＭを助けるためボールに乗り込み出撃する。 シローの乗ったボールは、ジオン軍の試作型ジムと戦闘になり両機は大破。宇宙を漂流するハメとなったシローと、ザクのパイロット・アイナは、生き延びるために敵味方の関係を越えて協力する。やがて救出された２人はふたたび敵と味方に分かれ、地球に降り立ったシローは仲間を得ようと奮闘しながら第０８ＭＳ小隊を率るが、やがて彼らの前にアイナの乗るジオン軍の新型器アプサラスが立ちはだかるのだった。
